Homeopatia jest stosowana jako metoda uzupełniająca do terapii lub jako jedyna metoda terapii. Leki homeopatyczne dobierane są do aktualnych potrzeb klienta w celu wsparcia procesu terapeutycznego głównie w sposób klasyczny.

Zastosowanie Homeopatii klasycznej wymaga czasu i szerokiego wywiadu z klientem. Podczas wywiadu klient opowiada o swoich głównych dolegliwościach fizycznych i psychicznych, historii choroby swojej i rodziny oraz innych czynnikach które są niezbędne aby wybrać lek.

Homeopatia kliniczna jest ukierunkowana na najbardziej dominujące objawy fizyczne i psychiczne w obecnym obrazie choroby. Jest stosowana czasami jako wtrącenie do klasycznej terapii homeopatycznej.

Oprócz homeopatii klinicznej i klasycznej w celu uzupełnienia terapii stosowana jest też często izopatia i homotoksykologia w postaci homeopatycznych preparatów złożonych.

Metodą pomocniczną w doborze preparatu homeopatycznego jest też irydohomeopatia.